1921 erteilte Bezirksapostel August Hölzel (Schweiz) den Auftrag in Innsbruck, zwischen Zürich und Wien, eine Kirchengemeinde zu gründen. Aufgrund eifriger Missionstätigkeit konnten 1922 die ersten neuapostolischen Christen vor Ort das Sakrament der Heiligen Versiegelung empfangen – damit wurde der Grundstein für die Gründung der Innsbrucker Kirchengemeinde gelegt.
Anfangs fanden die Gottesdienste in verschiedenen Räumlichkeiten statt, viele Jahre davon im Franz-Hüttenberger-Heim.
Im Dezember 1966 erfolgte der Spatenstich zum Bau einer Kirche in der Wiesengasse 23 in Innsbruck.
Am 17.12.1967 wurde das neue Kirchengebäude durch den damaligen Bezirksapostel Ernst Streckeisen eingeweiht wurde.
Seit 1967 finden in der Kirchengemeinde Innsbruck die Gottesdienste jeweils am Sonntag und Donnerstag statt.
Im Jahr 2003 erfolgten umfangreiche Umbau- und Renovierungsarbeiten im Außen- und Innenbereich.