Die Kirchengemeinde Innsbruck gehört zum Kirchenbezirk Tirol. Das Einzugsgebiet der Gemeinde erstreckt sich auf das Ortsgebiet Innsbruck und Innsbruck-Land.
1921 erteilte Bezirksapostel August Hölzel (Schweiz) den Auftrag in Innsbruck, zwischen Zürich und Wien, eine Kirchengemeinde zu gründen. Aufgrund eifriger Missionstätigkeit konnten 1922 die ersten neuapostolischen Christen vor Ort das Sakrament der Heiligen Versiegelung empfangen – damit wurde der Grundstein für die Gründung der Innsbrucker Kirchengemeinde gelegt.
Die Strukturen der Gemeinde wuchsen, zum Beispiel übernahm ab dem Jahr 1947 Mercedes Scherer den Religionsunterrichtes sowie die musikalische Ausbildung im Gesang und in der Instrumentalmusik.
Anfangs fanden die Gottesdienste in verschiedenen Räumlichkeiten statt, viele Jahre davon im Franz-Hüttenberger-Heim.
Im Dezember 1966 erfolgte der Spatenstich zum Bau einer Kirche in der Wiesengasse 23, die am 17.12.1967 durch den damaligen Bezirksapostel Ernst Streckeisen eingeweiht wurde. Seitdem finden dort die Gottesdienste jeweils am Sonntag und Donnerstag statt.
Im Jahr 2003 erfolgten umfangreiche Umbau- und Renovierungsarbeiten im Außen- und Innenbereich.